이 리소스는 iSeq 100 시퀀싱 시스템에서 AmpliSeq for Illumina로 전환하는 프로세스에 대한 단계별 지침을 제공합니다.
AmpliSeq for Illumina의 총 라이브러리 준비 시간은 5~7시간입니다. 수작업 시간은 라이브러리 정량화, 표준화 및 풀링을 제외하고 < 1.5시간입니다.
AmpliSeq for Illumina 워크플로우에는 현장 교육이 필요하지 않습니다. 교육에 관심이 있으시면 현지 영업 담당자에게 문의하여 이용 가능한 과정에 대한 정보를 얻으시기 바랍니다.
다음 온라인 비디오 과정을 이용할 수 있습니다.
AmpliSeq for Illumina는 혈액, 세포 배양체 또는 신선 동결 조직과 같이 이용 가능한 사용량과 품질이 제한되지 않는 샘플뿐 아니라 FFPE(포르말린 고정 파라핀 포매) 조직과 같은 까다로운 샘플과도 호환됩니다. DNA 및 RNA에 대한 사용량 요건은 애플리케이션 요구 사항에 따라 1~100 ng 범위입니다. 대부분의 애플리케이션에서 풀당 사용량 10 ng이 권장됩니다.
DNA 순도는 A260/A280 비율이 1.8~2.0이어야 합니다. PicoGreen(DNA) 또는 Qubit DNA HS 키트는 정확한 정량화를 위해 권장됩니다. 필요한 수정 사항을 확인하려면 AmpliSeq 패널의 참조 가이드를 참조하십시오.
AmpliSeq for Illumina에는 AmpliSeq for Illumina 패널, AmpliSeq for Illumina Library PLUS 키트 및 호환 가능한 AmpliSeq 인덱스 키트가 필요합니다. AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kit는 24, 96 및 384개의 반응 구성으로 제공됩니다.
인덱스 키트 호환성에 대한 자세한 내용은 패널의 참조 가이드를 참조하십시오.
필수 장비 및 사용자 공급 소모품에 대한 정보는 해당 패널의 지원 페이지를 참조하세요. 소모품 및 장비 목록은 각 패널의 문서 페이지에서 확인할 수 있습니다.
AmpliSeq for Illumina 라이브러리는 풀링 전에 수동으로 정규화됩니다.
라이브러리는 자동으로 단일 가닥으로 변성되고 기기 내에서 추가로 희석됩니다. 자세한 내용은 iSeq 100 시퀀싱 시스템 가이드의 클러스터링 정보 및 라이브러리 희석 섹션을 참조하십시오.
인덱싱은 생물학적 샘플에 라벨을 부착한 다음 바이오인포매틱스 방법을 사용하여 런 중에 생성된 시퀀싱 데이터를 구별하는 방법입니다.
자세한 내용은 Indexed Sequencing Overview Guide의 Paired-End Flow Cell(워크플로우 B)에 대한 듀얼 인덱스 워크플로우 섹션을 참조하십시오.
프로토콜을 통해 한 번에 1~96개의 샘플을 처리할 수 있습니다. 그러나 멀티채널 피펫을 사용하여 8개의 샘플 또는 8개의 배수를 처리하는 것이 좋습니다.
지원되는 인덱스 조합에 대한 자세한 내용은 인덱스 어댑터 풀링 가이드 또는 풀링 계산기의 AmpliSeq for Illumina 풀링 지침 섹션을 참조하십시오.
AmpliSeq for Illumina 프로토콜에 사용되는 인덱스 어댑터는 AmpliSeq for Illumina를 위해 특별히 설계되었습니다. 어댑터에는 독점적인 설계 및 개조가 있습니다. Nextera 또는 TruSeq 어댑터는 이 프로토콜과 호환되지 않습니다.
어댑터 시퀀스는 Illumina 어댑터 시퀀스 문서의 AmpliSeq for Illumina Panels 섹션 및 인덱스 어댑터 풀링 가이드의 AmpliSeq for Illumina 풀링 지침 섹션을 참조하십시오.
추가된 증폭 및 세척 단계와 같이 Ion AmpliSeq 프로토콜과 AmpliSeq for Illumina 프로토콜 사이에는 몇 가지 중요한 차이점이 있습니다. AmpliSeq for Illumina 프로토콜을 성공적으로 사용하려면 AmpliSeq for Illumina 참조 가이드의 지침을 검토하고 따르십시오.
열 순환기에 대한 권장 사항은 AmpliSeq for Illumina 패널의 지원 페이지를 참조하세요. 소모품 및 장비 목록은 각 패널의 문서 페이지에서 확인할 수 있습니다.
자세한 내용은 시퀀싱: Illumina 기술 동영상 또는 차세대 시퀀싱 기술 소개를 참조하세요.
iSeq 100 System는 iSeq 100 i1 Reagents 키트가 필요합니다. 필요한 사용자 공급 소모품 및 장비에 대한 자세한 내용은 iSeq 100 시퀀싱 시스템 가이드 를 참조하십시오.
문서 및 교육 비디오는 iSeq 100 시퀀싱 시스템 지원 페이지에서 확인할 수 있습니다.
iSeq 100 시퀀싱 시스템 가이드의 시퀀싱 런 설정(로컬 런 관리자 모드) 또는 시퀀싱 런 설정(수동 모드) 섹션을 참조하십시오.
iSeq 100 System Sample Sheet Template을 사용하여 샘플 시트를 생성할 수 있습니다. BaseSpace Sequence Hub Run Monitoring and Storage를 사용하여 수동 모드에서 시퀀싱할 때 샘플 시트가 필요합니다. 샘플 시트를 다운로드하여 편집한 다음 런 설정 중에 제어 소프트웨어에 업로드합니다.
최적의 시퀀싱 깊이는 실행 중인 애플리케이션과 실험 목표에 따라 다릅니다. 해당 참조 연구는 문헌을 참조하십시오.
패널의 길이와 용도를 위해 2x151 bp가 권장됩니다.
iSeq 100 시퀀싱 시스템 가이드의 시퀀싱 및 클러스터 생성을 위한 라이브러리 준비 섹션을 참조하십시오.
기술 게시판을 참조하세요. PhiX Control v3 Library는 무엇이며 Illumina NGS에서 그 기능은 무엇인가요?
iSeq 100 시퀀싱 시스템 가이드의 리드에서 사이클 수 섹션을 참조하십시오.
페어드 엔드 시퀀싱을 통해 사용자는 절편의 양쪽 끝을 시퀀싱하고 고품질의 정렬 가능한 시퀀스 데이터를 생성할 수 있습니다. 페어드 엔드 시퀀싱은 유전체 재배열 및 반복 시퀀스 요소뿐만 아니라 유전자 융합(gene fusion) 및 새로운 전사물(transcript)의 검출도 용이하게 합니다.
페어드 엔드 리드는 참조와 정렬할 가능성이 더 높기 때문에 전체 데이터 세트의 품질이 향상됩니다. 모든 Illumina 차세대 시퀀싱(NGS) 시스템은 페어드 엔드 시퀀싱이 가능합니다. Illumina는 AmpliSeq for Illumina 라이브러리에 대한 페어드 엔드 시퀀싱을 권장합니다.
자세한 내용은 Indexed Sequencing Overview Guide의 Illumina 웹사이트 및 페어드 엔드 플로우 셀의 듀얼 인덱스 워크플로우(워크플로우 B) 섹션을 참조하십시오.
클러스터 최적화 개요 가이드 및 Illumina 시스템의 클러스터 밀도 가이드라인을 참조하십시오.
패턴화된 플로우 셀에는 플로우 셀의 양쪽 표면에 걸쳐 고정된 위치에 수십억 개의 나노웰이 포함됩니다. 시퀀싱 클러스터의 간격이 균일하게 설계되어 있으며, 패턴이 없는 클러스터 생성보다 많은 이점을 제공합니다.
자세한 내용은 Patterned Flow Cell Technology 웹 페이지, 비디오 및 기술 노트를 참조하십시오.
Illumina 시퀀싱 데이터 분석에 사용되는 개념 및 일반적인 접근법에 대한 소개 프레젠테이션 및 논의는 시퀀싱 데이터 분석의 주요 개념 소개 웨비나를 참조하십시오. 이 웨비나는 Illumina NGS 사용자를 대상으로 하며 de novo 어셈블리, RNA 시퀀싱 및 SNP 발견에 사용되는 기본 분석 접근법을 다룹니다. 웨비나에서는 실험 설계의 기본 개념도 설명합니다.
Local Run Manager는 Illumina 벤치탑 시퀀싱 데이터를 위한 Windows 기반 소프트웨어로, 로컬 분석 옵션과 런 및 사용자 관리를 포함합니다.
Local Run Manager 웨비나는 Local Run Manager에 대한 개요를 제공하며 신규 및 중간 사용자를 대상으로 합니다. 자세한 내용은 Local Run Manager 지원 페이지 및 Local Run Manager 개요 교육 과정을 참조하세요.
Local Run Manager 장비 및 컴퓨팅 요구 사항은 Local Run Manager 소프트웨어 가이드의 설치 섹션에서 확인할 수 있습니다.
Local Run Manager 설정에 대한 정보는 시퀀스 파일 형식 , 데이터 분석을 위한 FASTQ 처리 도구 웨비나 , Local Run Manager 소개 웨비나를 참조하세요.
BaseSpace Sequence Hub는 Illumina 클라우드 기반 시퀀싱 데이터 분석 솔루션입니다. 런과 프로젝트 간의 차이, 데이터 작업 및 데이터 공유와 같은 정보는 BaseSpace Sequence Hub 웨비나를 참조하세요. 추가 정보는 BaseSpace Sequence Hub 지원 페이지와 BaseSpace Sequence Hub로 런 준비 교육 과정을 참조하세요.
다음 리소스를 참조하십시오.
DNA Amplicon 및 RNA Amplicon 애플리케이션은 모두 BaseSpace Sequence Hub 통해 사용할 수 있습니다.