라이브러리를 준비하기 전에 시퀀싱 시스템에 사용할 수 있는 옵션을 사용하여 샘플에 대한 정보를 기록합니다.
AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panel은 소아암 및 젊은 성인 암과 관련된 체세포 변이의 포괄적인 평가를 위한 표적 재시퀀싱 솔루션을 제공합니다.
| 구성품 | 풀 수 | 농도 | 앰플리콘 수 | 평균 앰플리콘 길이(bp) | 평균 라이브러리 길이(bp) |
|---|---|---|---|---|---|
| DNA | 2 | 4X | 3069 | 114 | 254 |
| RNA | 2 | 5X | 1701 | 122 | 262 |
AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panel 프로토콜을 완료하려면 패널과 다음 라이브러리 준비, cDNA 합성 및 인덱스 키트가 필요합니다. AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kit는 24, 96 및 384개의 반응 구성으로 제공됩니다.
AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panel은 샘플당 하나의 DNA와 하나의 RNA 라이브러리를 생성합니다. 샘플은 DNA, RNA 또는 쌍일 수 있습니다. 이 프로토콜의 샘플이 쌍을 이룹니다. 샘플은 한 소스의 핵산 샘플인 반면 라이브러리는 준비 후 샘플의 핵산입니다. 라이브러리는 시퀀싱에 필요한 끝이 있는 고유한 DNA 또는 RNA 준비물입니다.
적절한 수의 샘플을 준비하려면 다음 개수와 키트 조합이 필요합니다.
| 샘플 수 | 샘플 24개 | 샘플 96개 | 샘플 384개 |
|---|---|---|---|
| 라이브러리 수 | 48개 라이브러리 (DNA 24개, RNA 24개) |
192개의 라이브러리 (96 DNA, 96 RNA) |
768개의 라이브러리 (384 DNA, 384 RNA) |
| AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panel | 1 | 4 | 16 |
| AmpliSeq Library PLUS for Illumina | 24-반응 키트 2개 | 96-반응 키트 2개 | 384-반응 키트 2개 |
| AmpliSeq CD 세트 A(96개 반응, 96개 인덱스) | 1 | 2 | 8 |
| cDNA 합성 | 1 | 1 | 4 |
다음 시스템과 시약 키트를 사용하는 AmpliSeq for Illumina Childhood Cancer Panel.
| 시스템 | Reagent Kit | 최대 DNA 수 런당 샘플만 |
최대 RNA 수 런당 샘플만 |
최대 통합 수* 런당 샘플 수 |
권장 결합* DNA:RNA 풀링 볼륨 비율** |
런 타임 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MiniSeq 시스템 | MiniSeq Mid Output Reagent Kit | 1 | 8 | 1 | 5:1 | 17시간 |
| MiniSeq High Output Reagent Kit | 5 | 25 | 4 | 5:1 | 24시간 | |
| MiSeq 시스템 | MiSeq Reagent Kit v2 | 3 | 15 | 2 | 5:1 | 24시간 |
| MiSeq Reagent Kit v3 | 5 | 25 | 4 | 5:1 | 32시간 | |
| NextSeq System | NextSeq Mid Output v2 키트 | 27 | 96 | 22 | 5:1 | 26시간 |
| NextSeq High Output v2 키트 | 83 | 96 | 48 | 5:1 | 29시간 |
* 결합이란 각 핵산에서 하나씩 인덱싱된 2개의 라이브러리를 생성하는 동일한 샘플에서 페어링된 DNA와 RNA를 의미합니다.
** 권장 리드 커버리지에 기반한 DNA와 RNA 통합 비율.