라이브러리를 준비하기 전에 시퀀싱 시스템에 사용할 수 있는 옵션을 사용하여 샘플에 대한 정보를 기록합니다.
AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel을 사용하면 혈액 및 골수 샘플의 DNA 및 RNA를 동시에 분석하여 혈액암과 관련된 생체표지자를 연구할 수 있습니다. 이 패널에는 DNA 및 RNA에 대한 별도의 풀이 있으므로 별도로 또는 함께 처리할 수 있습니다.
| 구성품 | 풀 수 | 농도 | 앰플리콘 수 | 평균 앰플리콘 길이(bp) | 평균 라이브러리 길이(bp) |
|---|---|---|---|---|---|
| DNA | 2 | 5X | 526 | 230 | 370 |
| RNA | 1 | 5X | 700 | 100 | 240 |
AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel 프로토콜을 완료하려면 패널과 다음 라이브러리 준비, cDNA 합성 및 인덱스 키트 가 필요합니다. AmpliSeq for Illumina Library PLUS Kit는 24, 96 및 384개의 반응 구성으로 제공됩니다.
AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel 프로토콜은 샘플당 하나의 DNA와 하나의 RNA 라이브러리를 생성합니다. 샘플은 DNA, RNA 또는 쌍일 수 있습니다. 이 프로토콜의 샘플은 쌍을 이룹니다. 샘플은 하나의 소스에서 추출한 핵산의 표본인 반면, 라이브러리는 준비 후 샘플에서 추출한 핵산입니다. 라이브러리는 시퀀싱에 필요한 끝이 있는 고유한 DNA 또는 RNA 준비물입니다.
적절한 수의 샘플을 준비하려면 다음 수와 키트 조합이 필요합니다.
| 샘플 수 | 샘플 24개 | 샘플 96개 | 샘플 384개 |
|---|---|---|---|
| 라이브러리 수 | 48개 라이브러리 (DNA 24개, RNA 24개) |
192개의 라이브러리 (96 DNA, 96 RNA) |
768개의 라이브러리 (384 DNA, 384 RNA) |
| AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel | 1 | 4 | 16 |
| AmpliSeq Library PLUS for Illumina | 24-반응 키트 2개 | 96-반응 키트 2개 | 384-반응 키트 2개 |
| AmpliSeq CD 세트 A(96개 반응, 96개 인덱스) | 1 | 2 | 8 |
| cDNA 합성 | 1 | 1 | 4 |
다음 시스템 및 시약 키트를 사용하는 AmpliSeq for Illumina Myeloid Panel.
| 시스템 | Reagent Kit | 최대 DNA 수 런당 샘플만 |
최대 RNA 수 런당 샘플만 |
최대 통합 수* 런당 샘플 수 |
권장 결합* DNA:RNA 풀링 볼륨 비율** |
런 타임 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MiniSeq 시스템 | MiniSeq Mid Output Reagent Kit | 4 | 32 | 3 | 8:1 | 17시간 |
| MiniSeq High Output Reagent Kit | 12 | 96 | 11 | 8:1 | 24시간 | |
| MiSeq 시스템 | MiSeq Reagent Kit v2 | 7 | 60 | 6 | 8:1 | 24시간 |
| MiSeq Reagent Kit v3 | 12 | 96 | 11 | 8:1 | 32시간 | |
| NextSeq System | NextSeq Mid Output v2 키트 | 65 | 96 | 48 | 8:1 | 26시간 |
| NextSeq High Output v2 키트 | 96 | 96 | 48 | 8:1 | 29시간 |
* 결합은 각 핵산 유형에서 생성되고 별도로 인덱싱된 2개의 라이브러리를 생성하는 동일한 샘플의 쌍 DNA 및 RNA를 의미합니다.
** 리드 커버리지 권장 사항에 기반한 DNA와 RNA 통합 비율.