Illumina DRAGEN Bio-IT Platform Training

녹화된 웨비나(2020년 5월) | Illumina의 클라우드 기반 시퀀싱 데이터 분석 솔루션인 BaseSpace에 대해 알아보기 위해 llumina 기술 지원을 요청드립니다. 이 프레젠테이션에서는 BaseSpace 대시보드, 일반적인 BaseSpace를 기능적으로 탐색하는 방법과 성공적인 애플리케이션 및 워크플로우 활용을 위한 팁과 요령에 대해 논의합니다. 다음 주제를 다룰 것입니다. BaseSpace에서 데이터를 업로드/보기하는 방법, 주요 분석 워크플로우에 대한 논의, BaseSpace에서 데이터를 분석하는 방법에 대한 일반적인 개요.

참고 사항: BaseMount 및 BaseSpace CLI는 알파 소프트웨어 릴리스입니다. 특징과 기능은 시간이 지남에 따라 변경될 수 있으며 지원은 Illumina 소프트웨어 개발을 통해 직접 이루어집니다.

이 과정은 DRAGEN 분석 파이프라인에 대한 개요를 제공합니다. 이 과정을 마치면 2차 데이터 분석에서 DRAGEN 플랫폼의 역할을 식별하고, 사용 가능한 파이프라인을 나열하며, 예상되는 성능과 정확성을 간략하게 설명할 수 있습니다.

이 과정은 DRAGEN Server 설치 프로세스에 대한 개요를 제공하고, 자체 설치에 필요한 리소스를 나열하며, 배치, 보안 및 네트워크 고려 사항을 설명합니다.

이 과정에서는 시퀀싱 데이터의 2차 분석을 위해 DRAGEN 플랫폼을 사용할 때의 이점을 설명하고, 기술에 대한 소개를 제공하며, 사용 가능한 파이프라인을 나열합니다.

언어: 일본어

녹화 웨비나(2019년 11월) | Illumina DRAGEN (Dynamic Read Analysis for GENomics) Bio-IT Platform 효율적인 서면 소프트웨어와 함께 FPGA(Field-Programmable Gate Array) 하드웨어를 활용하여 기존 CPU 기반 방법에 필요한 시간보다 훨씬 짧은 시간 내에 차세대 시퀀싱(NGS) 데이터에 대한 매우 정확한 분석을 제공합니다. DRAGEN 플랫폼은 작은 시퀀싱 데이터 세트와 매우 큰 시퀀싱 데이터 세트 사이에서 쉽게 확장할 수 있는 비용 효율적인 분석 솔루션입니다. 이 웨비나는 Linux 명령줄에 대한 실무 지식을 갖춘 DRAGENon-site 서버 사용자를 위한 것입니다. 이 웨비나에서는 다음 주제에 대해 논의합니다. 참조 해시 테이블 및 사용 가능한 다양한 고급 옵션 구축,DRAGEN 온사이트 서버를 사용한 데이터 입력 및 출력에 권장되는 모범 사례, 생식세포 파이프라인에 사용 가능한 다양한 유형의 변이 검출에 대한 설명 및 고급 옵션을 사용한 생식세포 변이 검출 시연.

녹화 웨비나(2022년 3월) | 최신 DRAGEN 릴리스인 DRAGEN v3.10에 대해 알아보세요. 이 릴리스는 DRAGEN Graph 및 Illumina Machine Learning을 통한 중요한 생식세포 소변이 정확도 개선, RNA Amplicon 지원을 통한 향상된 포괄성, 표적 GBA 호출자 및 MHC 그래프 참조 개선, 모집단 유전체학 확장성 개선 등 흥미로운 새로운 발전을 제공합니다.

녹화된 웨비나(2020년 2월) | DRAGEN 팀은 DRAGEN 버전 3.5의 출시를 발표하게 되어 기쁘게 생각합니다. 이 버전에는 이전 버전과 비교하여 체세포, SV 및 RNA 파이프라인에 대한 정확도 개선, RNA 파이프라인에 대한 추가 가속화, 체세포 샘플에 대한 CNV 분석 지원, 매핑 속도를 개선하는 Mapper의 V8 버전, 전통적인 결합 GVCF 작업에 비해 대규모 코호트 호출을 위한 새로운 워크플로우, 가속화된 무작위 및 비무작위 UMI 리드 붕괴 지원이 포함됩니다.  웨비나는 DRAGEN의 모든 사용자를 위한 것입니다. 이러한 기능은 BaseSpace 및 AWS Marketplace와 같은 다양한 플랫폼에서 온사이트 고객 및 클라우드 사용자가 사용할 수 있습니다.

녹화된 웨비나(2020년 6월) | DRAGEN 팀은 DRAGEN 버전 3.6의 출시를 발표하게 되어 기쁘게 생각합니다. 이 버전에는 DRAGEN FPGA에서 deBrujin 그래프 구성을 구현하여 생식세포 및 체세포 변이 검출 파이프라인에 대한 상당한 런타임 개선이 포함됩니다. 또한 FASTQC 통계 생성, 폴리-G 트리밍, JointGenotyping 및 CNV 파이프라인 개선에 대한 지원을 발표하게 되어 기쁩니다. 이 웨비나는 DRAGEN의 새로운 기능에 대해 더 자세히 듣고자 하는 모든 고객을 위한 것입니다. 이러한 기능은 BaseSpace 및 AWS Marketplace와 같은 다양한 플랫폼에서 온사이트 고객 및 클라우드 사용자에게 제공됩니다.

녹화 웨비나(2020년 11월) | DRAGEN 팀은 DRAGEN 버전 3.7의 출시를 발표하게 되어 매우 기쁩니다. 늘 그렇듯이, 이는 몇 가지 새로운 기능과 정확도 개선을 포함하는 주요 릴리스입니다. 가속화된 Single Cell RNA 파이프라인의 첫 번째 버전을 출시하게 되어 매우 기쁩니다. 또한 DRAGEN 팀이 Precision FDA v2 챌린지에서 승자가 될 수 있도록 개선한 사항을 고객에게 제공하고 있습니다. 또한 UMI를 사용하여 사용자에게 엔드투엔드 워크플로우, 특히 UMI 기반 샘플에 대한 SNV 발신자의 도입을 제공할 수 있습니다. 새로운 기능으로 SV 및 CNV 통화 정확도를 더욱 개선했습니다. 전장 유전체 체세포 샘플의 경우, 이제 모든 변이 검출자와 더 통합된 워크플로우를 실행할 수 있습니다. 또한 Pop Gen 코호트 콜 이니셔티브에 대한 더 많은 개선 사항을 공유하고자 합니다. 메틸레이션 파이프라인에 추가된 새로운 기능은 해당 파이프라인을 실행하는 사용자에게 매우 유용할 것으로 생각합니다. 늘 그렇듯이, 당사는 다양한 플랫폼에서 온사이트 및 클라우드 사용자가 이러한 업데이트를 사용할 수 있도록 할 것입니다.

녹화 웨비나(2021년 3월) | Shyamal Mehtalia 책임 엔지니어의 최근 v3.8 릴리스를 통해 최신 DRAGEN 기능 및 개선 사항에 대해 알아보세요. 주요 하이라이트에는 스토리지 비용을 최대 80% 절감하는 방식으로 FASTQ 파일의 빠르고 무손실 압축을 가능하게 하는 DRAGEN ORA 압축 기술의 도입이 포함됩니다. 또한 TMB 및 MSI와 HLA 형별 검사의 도입으로 표적 발신자 및 생체표지자 기능을 확장합니다.  추가 기능과 개선 사항에는 일반화된 하드웨어 가속 트리밍, 그래프 유전체 기능 확장, 속도 및 정확도 개선이 포함됩니다. BaseSpace Sequence Hub 사용자는 DRAGEN DNA Amplicon 및 DRAGEN Single Cell RNA 앱의 도입을 기쁘게 생각합니다.

녹화 웨비나(2021년 8월) | v3.9 릴리스를 통해 최신 DRAGEN 기능과 향상된 기능에 대해 알아보세요.  중요한 하이라이트에는 Microsoft Azure에서 DRAGEN의 가용성, RNA 변이 검출, WGS 데이터에 대한 상동 재조합 결핍(HRD), 그래프 유전체 정확도 개선(특히 MHC 영역에서), 단일세포 파이프라인의 확장된 기능이 포함됩니다. 이 릴리스의 추가 업데이트에는 간소화된 CNV 검출 및 메틸레이션 파이프라인, 반복 영역에서 유전자 융합 검출, DRAGEN ORA(FASTQ 압축)의 사용 용이성 증가가 포함됩니다.

녹화된 웨비나(2021년 3월) | 메타지노믹스 시퀀싱 파트 I 이후 이 웨비나에서는 메타지노믹스의 데이터 분석 소개에 대해 논의합니다. Illumina 시퀀싱 기술에 대한 기본적인 이해와 메타지노믹스를 위한 라이브러리 준비 워크플로우에 대한 지식을 가정합니다. 다음 주제를 논의합니다. 표적 메타지노믹스 및 샷건 메타지노믹스 개요, 메타지노믹스 데이터 분석 옵션:  BaseSpace Sequence Hub의 16s 메타지노믹스 앱 및 DRAGEN 메타지노믹스 파이프라인, BaseSpace Sequence Hub의 DRAGEN RNA Pathogen Detection App  개요. BaseSpace Sequence Hub

녹화 웨비나(2021년 8월) |  Illumina 기술 지원은 새로운 NextSeq 1000/2000 플랫폼에서 DRAGEN을 사용하여 데이터 분석을 수행하는 방법에 대한 논의에 여러분을 초대합니다. 웨비나는 NextSeq 1000/2000 및 클라우드에서 DRAGEN을 사용하는 고객을 파악하기 위해 설계되었습니다. 웨비나는 클라우드에서의 기기 런 설정, 하이브리드 대 클라우드 모드 분석에 대한 논의, DRAGEN 분석 파이프라인, 팁 및 모범 사례를 다룹니다.