NextSeq 1000/2000 Compatible Products
NextSeq 1000/2000 시퀀싱 시스템
호환 제품
샘플 정보
샘플 ID, 풀링에 사용되는 인덱스 어댑터 등 샘플에 대한 정보를 기록하려면 다음 옵션 중에서 선택하세요.
- 클라우드 또는 하이브리드 모드를 사용하는 경우, BaseSpace Sequence Hub에서 기기 런 설정을 사용하세요.
- 로컬 모드를 사용하는 경우 샘플 시트 v2 템플릿을 사용하세요.
데이터 분석
Sequencing Analysis Viewer 또는 BaseSpace Sequence Hub 를 사용하여 런 중에 실시간 품질 지표를 모니터링하세요.
시퀀싱 데이터를 분석하려면 다음 옵션 중에서 선택하세요.
NextSeq 1000/2000 시퀀싱 시스템은 기기 내 DRAGEN Bio-IT Platform을 사용하여 2차 분석을 수행합니다. 자세한 내용은 NextSeq 1000/2000 시퀀싱 시스템 가이드를 참조하세요.
단일세포 RNA 제품 호환성
DRAGEN 단일세포 RNA 분석 파이프라인은 제3자 키트와의 호환성을 제공합니다. 제3자 키트 호환성에 대한 자세한 내용은 단일세포 RNA 제품 호환성을 참조하세요.
DRAGEN 워크플로우 버전 호환성
다음 DRAGEN 워크플로우 버전은 NextSeq 1000/2000 Control Software 버전과 호환됩니다.
| Control Software 버전 | |||
|---|---|---|---|
| DRAGEN 버전 | 1.2 - 1.5 | 1.7 | |
| 4.2.7 | 미지원 |
|
|
| 3.10.12 |
|
미지원 | |
| 3.9.3 |
|
미지원 | |
| 3.8.4 |
|
미지원 | |
| 3.7.4 |
|
미지원 | |
| 3.5.8 | 미지원 | 미지원 | |
| 3.5.6 | 미지원 | 미지원 | |
참조 유전체
기기 내 참조 유전체
| 유전체 이름 | 표시 이름 | 종(Species) | GTF 이용 가능 | DRAGEN 버전 |
|---|---|---|---|---|
| hg19_alt_aware | Human UCSC hg19 Custom Alt Aware | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10 |
| hg19_no_alt_haps_no_decoys | Human UCSC hg19 Custom Alt Aware No Alt Haps No Decoys | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10 |
| hg19_alt_aware_graph_based | Human UCSC hg19 Custom Alt Aware Graph | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 3.8, 3.10 |
| hg19-alt-masked_v3 | Homo sapiens [UCSC] hg19 Alt Masked v3 | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 4.2 |
| hg19-alt-masked.graph_v3 | Homo sapiens [UCSC] hg19 Alt Masked v3 Graph | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 4.2 |
| hs37d5 | Human NCBI hs37d5 | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10 |
| hs37d5_graph_based | Human NCBI hs37d5 Graph | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 3.8, 3.10 |
| hs37d5_v3 | Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v3 | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 4.2 |
| hs37d5.graph_v3 | Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v3 Graph | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 4.2 |
| hg38_alt_aware | Human 1000 Genomes hg38 Alt Aware | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10 |
| hg38-noalt-with-decoy | Human 1000 Genomes hg38 Noalt with Decoys | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10 |
| hg38_alt_aware_graph_based | Human 1000 Genomes hg38 Alt Aware | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 3.8, 3.10 |
| hg38-alt-masked_v3 | Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Alt Masked v3 | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 4.2 |
| hg38-alt-masked.graph_v3 | Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Alt Masked v3 Graph | 호모 사피엔스[인간] | 예 | 4.2 |
| mm10 | Mus musculus [UCSC] mm10 | 생쥐[생쥐] | 예 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10, 4.2 |
| phix | Microvirus Escherichia virus phiX174 [NCBI] | PhiX | 아니요 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10, 4.2 |
| rn6 | Rattus norvegicus [UCSC] rn6 | 시궁쥐[노르웨이 쥐] | 예 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10, 4.2 |
| Rhodobacter_sphaeroides_2.4.1 | R.sphaeroides [NCBI] 2.4.1 | 로도박터 스페로이드[세균] | 아니요 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10, 4.2 |
| Bacillus_cereus_ATCC_10987 | B. cereus [NCBI] ATCC_10987 | 바실루스 세레우스[세균] | 아니요 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10, 4.2 |
| WBcel235 | C. elegans [Ensembl] WBcel235 | 예쁜꼬마선충[회충] | 아니요 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10, 4.2 |
| A_Thaliana | A. thaliana [TAIR] TAIR10 | 애기장대 | 아니요 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10, 4.2 |
| eschColi_K12_1 | E. coli [NCBI] K12 MG1655 | 대장균[균주 K12] | 아니요 | 3.5, 3.7, 3.8, 3.10, 4.2 |
참조 유전체 사용 권장 사항
2차 분석에 DRAGEN Bio-IT Platform을 사용하는 경우, 각 DRAGEN 파이프라인에 권장되는 참조 유전체는 다음과 같습니다.
Illumina Germline Pipeline 및 Illumina Enrichment Pipeline(DRAGEN v3.10 이하)
- 가능한 경우 ALT-aware 매핑을 사용하세요.
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Custom Alt Aware 참조 유전체를 사용하세요.
- hg38을 사용하지 않는 경우, Homo sapiens[UCSC] hg19 Custom Alt Aware 또는 Homo sapiens [NCBI] hs37d5가 권장됩니다.
Illumina RNA Pipeline(DRAGEN v3.10 이하)
- 가능하면 no-ALT를 사용하세요.
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 No Alt Haps 또는 Homo sapiens [UCSC] hg19 No Alt Haps 참조 유전체를 사용하세요.
- hg38 또는 hg19 를 이용할 수 없는 경우, 어떤 참조 유전체도 적합합니다.
Illumina Germline Pipeline, Enrichment Germline Pipeline, Amplicon Germline Pipeline(DRAGEN v4.2 이상)
- ALT-Masked 매핑을 사용하세요.
- Graph 유전체를 사용하세요.
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Alt Masked Graph v3 참조 유전체를 사용하세요.
- hg38을 사용하지 않는 경우, Homo sapiens [UCSC] hg19 Alt Masked Graph v3 또는 Homo sapiens [NCBI] hs37d5 v3 Graph가 권장됩니다.
- Non-graph가 지원되지만 정확도가 떨어집니다.
Illumina Enrichment Somatic, Amplicon Somatic, RNA, scRNA Pipelines(DRAGEN v4.2 이상)
- ALT-Masked 매핑을 사용하세요.
- non-Graph 유전체를 사용하세요.
- Homo sapiens [1000 Genomes] hg38 Alt Masked v3 참조 유전체 또는 Homo sapiens [UCSC] hg19 Alt Masked v3 참조 유전체를 사용하세요.