미생물 전장 유전체 시퀀싱

정확하고 완전한 미생물 유전체 생성 및 미생물에 대한 포괄적인 분석을 수행하세요

미생물 분리주의 전장 유전체 시퀀싱이란 무엇입니까?

미생물 분리주의 전장 유전체 시퀀싱(WGS)은 새로운 유기체의 유전체를 매핑하거나, 알려진 유기체의 유전체를 완성하거나, 여러 샘플의 유전체를 비교하는 데 중요한 도구입니다. 전체 박테리아, 바이러스 및 기타 미생물 게놈을 시퀀싱하는 것은 정확한 참조 유전체(reference genome) 생성, 미생물 식별 및 기타 비교 유전체 연구에 중요합니다. 1~6

기존의 방법과 달리, NGS 기반 미생물 유전체 시퀀싱은 노동 집약적인 복제 단계에 의존하지 않으므로 시간을 절약하고 워크플로우를 간소화합니다. NGS는 다른 방법을 사용해 식별하기에는 비용이 너무 많이 들거나 간과되기 쉬운 저주파 변이 및 유전체 재배열을 식별할 수 있습니다.

Male scientist, back side view, pipetting into 8 lane plate in wet lab, plates and tubes in background, other scientist blurry in the foreground

드 노보 미생물 유전체 시퀀싱

드 노보 전장 유전체 시퀀싱은 유전체 참조를 사용하지 않고 유전체를 조립하는 것을 포함하며, 종종 새로운 미생물 유전체의 시퀀싱에 사용됩니다.7 Illumina 시퀀서는 고품질 초안 및 미생물 전장 유전체 조립을 위한 탁월한 미가공 판독 정확도와 리드 깊이를 제공합니다.8

미생물 전장 유전체 참조 기반 매핑

미생물 전장 유전체 재시퀀싱에는 세균, 바이러스 또는 기타 미생물의 전장 유전체를 시퀀싱한 다음 해당 시퀀스를 알려진 참조 시퀀스와 비교하는 작업이 포함됩니다. 빠르고 정확한 미생물 참조 유전체 시퀀스 정보를 생성하는 것은 저주파 돌연변이를 검출하고, 주요 결실 및 삽입을 발견하고, 미생물 균주 간의 다른 유전적 변화를 발견하는 데 중요합니다. 9~12

주요 애플리케이션 자원

Benchtop applications ebook

이 eBook을 다운로드하여 벤치탑 시퀀싱 기기가 어떻게 탁월한 데이터 품질과 정확성을 제공하는 동시에 광범위한 애플리케이션을 지원하는지 알아보세요.

NGS workflow finder

NGS 워크플로우 파인더를 사용하여 관심 애플리케이션 워크플로우에 대한 권장 사항을 받아 자신 있게 시퀀스를 수행할 수 있습니다.

NGS library prep

MiSeq i100 시리즈를 공개하는 이 웨비나를 시청하세요. 종양학, 미생물학, 감염병에서 애플리케이션 데이터를 보고 조기 사용자로부터 인사이트를 얻으세요.

주요 애플리케이션

Healthcare-associated infection surveillance

그 어느 때보다도 정확한 발병 및 전파 경로 식별과 추적을 위해 병원체의 유전자 구성을 식별하는 데 NGS가 어떻게 사용되는지 확인하세요.

식품 안전 감시 시스템

NGS는 고처리량 기능과 함께 민감한 검출 기능을 제공하여 식품 안전을 크게 개선할 수 있는 길을 열어 주고 있습니다. 과학자와 의료 전문가는 검사실 네트워크를 사용하여 전 세계에서 유전체 데이터를 수집하고 공유할 수 있습니다.

결핵 감시 시스템

결핵 검출, 특성 확인, 분석을 위한 통합 NGS 기반 솔루션에 대해 알아보세요.

항균제 내성

NGS가 조기 검출, 발병 대응 및 임상 연구 분야에서 항균제 내성 연구를 어떻게 강화하는지 더 알아보세요.

미생물 전장 유전체 시퀀싱을 위한 권장 워크플로우

1
준비
2
시퀀싱
3
분석

연락하기

미생물 전장 유전체 시퀀싱에 대해 더 알아보는 데 관심이 있으신가요?

추가 리소스

버튼식 de novo 미생물 유전체 시퀀스 어셈블리

정렬에 사용할 수 있는 레퍼런스 시퀀스가 없는 경우 de novo 시퀀싱에 대해 더 알아보세요.  또한, 실제 애플리케이션과 포괄적이고 사용하기 쉬운 워크플로우로 입증된 이점에 대해서도 읽어 보세요.

직접 세균 콜로니 시퀀싱

이 애플리케이션 기술서를 다운로드하여 빠르고 쉬운 라이브러리 준비를 통한 직접 세균 콜로니 시퀀싱에 대해 더 알아보세요.

드 노보 세균 시퀀싱 개요

이 애플리케이션 기술서에서는 드 노보 유전자 어셈블리를 위한 고품질 페어드 엔드 리드(paired-end·reads)를 갖춘 MiSeq 시스템의 박테리아 시퀀싱에 대해 자세히 설명합니다.

참고 문헌

  1. 코세르 CU, 브라이언트 JM, 베크 J, 토록 ME, 엘링턴 MJ, 등 결핵균의 신속한 민감성 검사를 위한 전장 유전체 시퀀싱. 뉴잉글랜드 의학 저널 2013; 369(3):290–2.  doi: 10.1056/NEJMc1215305
  2. 해리슨 EM, 패터슨 GK, 홀든 MT, 라르센 J, 스테거 M 등 전장 유전체 시퀀싱을 통해 새로운 mecA 동족체 mecC를 통해 MRSA 분리주의 동물성 전염 확인 EMBO 분자의학 2013; 5(4):509–15. doi: 10.1002/emmm.201202413
  3. 페레즈코바스 AE, 고메즈발레로 L, 부크리저 C. 미생물 생태학에서의 메타유전체학적 접근법, 전체 지놈 및 표지자 유전자 시퀀싱 분석에 대한 업데이트. 미생물유전체학 2020; 6(8). doi: 10.1099/mgen.0.000409. 
  4. 선더만 AJ, 첸 J, 밀러 JK 등 의료 발병 탐지 및 조사를 위한 전장 유전체 시퀀싱 감시 및 머신 러닝: 체계적 검토 및 요약. 항미생물학 스튜워드 전염병의학 2022; 2(1). doi: 10.1017/ash.2021.241.
  5. 피터슨 SW, 뎀크죽 W, 마틴 I 등 전장 유전체 시퀀싱을 사용한 임상 혈액 배양에서 직접적인 박테리아 및 진균 병원체 식별 유전체학 2023;115(2). doi: 10.1016/j.ygeno.2023.110580 
  6. 미첼 PK, 왕 L, 스탠호프 BJ 등 살모넬라균, 대장균 및 리스테리아균의 전체 게놈 시퀀싱을 위한 Illumina iSeq 플랫폼의 다중 실험실 평가. 미생물유전체학 2022; 8(2). doi: 10.1099/mgen.0.000717
  7. 이 CY, 이 YF, 라이 LC 등 MiD 시스템: 미생물 게놈의 드 노보 어셈블리 및 분석을 위한 포괄적인 온라인 시스템. N 생물기술 2021; 11월 25:65. doi: 10.1016/j.nbt.2021.08.002 
  8. 브루젝 S, 베스탈 G, 래셔 A 등 임상 및 공중 보건 연구실을 위한 Illumina iSeq 100에서의 박테리아 전체 게놈 시퀀싱. J 분자 진단 2020 12월;22(12):1419-1429. doi: 10.1016/j.jmoldx.2020.09.003.
  9. 발리안테물로르 C, 비무드 B, 안사리 I 등 하나로는 불충분: 짧은 판독의 매핑 및 후속 분석을 위한 참조 유전체의 효과에 관하여. PLoS 계산생물학 2021; 1월 17(1). doi: 10.1371/journal.pcbi.1008678
  10. 시어 J, 할시 TA, 콜러슈미트 D 등 저수준 리팜피신 내성 및 결핵균의 rpoBM 돌연변이, 뉴욕의 전장 유전체 시퀀싱 및 약물 민감성 검사 데이터 분석. J Clin Microbiol. 2021;59(4). doi: 10.1128/JCM.01885-2
  11. 아거왈 SK, 싱 A, 쵸드하리 M, et al. Pangenomics in Microbial and Crop Research: Progress, Applications, and Perspectives. 유전자 (Basel). 2022; 3월 27;13(4):598. doi: 10.3390/genes13040598
  12. 말라단 Y, 크리스마와티 H, 와혀니 T 등 인도네시아 파푸아에서 결핵균 약물 민감성 및 내성을 예측하는 전장 유전체 시퀀싱. BMC 유전체학 2021 11월 22;22(1):844. doi: 10.1186/s12864-021-08139-3.