RNA 시퀀싱

RNA 시퀀싱 소개

RNA 시퀀싱(RNA-Seq)은 전사체 연구에 혁신을 일으키고 있습니다. 이는 전사체 전체에 걸쳐서 발현을 측정하는 고감도의 정확한 도구로, 질병 상태, 치료제에 대한 반응, 다양한 환경 조건 및 기타 광범위한 연구 설계에서 이전에 포착되지 않았던 변화를 과학자들이 식별할 수 있게 해 줍니다.

RNA-Seq을 이용할 경우 과학자들은 단일 assay를 통해서 알려진 특징과 새로운 특징을 모두 검출할 수 있으므로, 사전 지식의 제한 없이 전사물 동형, 유전자 융합, 단일 염기서열 변이(single-nucleotide variant, SNV), 기타 특징들을 식별할 수 있습니다.1,2

해질녘 호수 근처에 있는 어린이 - RNA-Seq은 우리를 둘러싼 세상을 변화시키고 있습니다.
RNA-Seq의 혁신 촉진 효과

RNA 시퀀싱은 연구와 혁신에 광범위한 영향을 미침으로써, 우리를 둘러싼 세상에 대한 이해를 변화시킬 수 있습니다.

RNA 시퀀싱의 장점

차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS)을 이용한 RNA-Seq 방법을 전사체 연구 방법으로 채택하는 과학자들이 많아지고 있습니다.

  • 매우 광범위한 동적 범위 커버
  • 유전자 발현에 대한 민감도 높고, 정확한 측정 가능
  • 알려진 특징과 새로운 특징을 모두 포착할 수 있으며, 미리 설계된 프로브가 필요하지 않음
  • 정성적 데이터와 정량적 데이터를 모두 생성함
  • 일부 선정된 전사물뿐만 아니라, 전체 전사체를 보여줌
  • 참조 시퀀스가 제공되지 않더라도, 모든 종(species)에 적용 가능함
RNA 시퀀싱을 통한 전사체학 역량 강화

RNA-Seq이 다양한 분야에서 전사체 연구를 어떻게 발전시키고 있으며, 유전자 조절 연구를 통해서 어떻게 상호 보완적인 정보를 얻을 수 있는지 확인해 보세요.

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RNA Sequencing Publication Review

RNA-Seq is by far the most cited NGS method. This collection contains protocol diagrams, advantages and disadvantages, and related peer-reviewed publications on various RNA-Seq methods featuring Illumina technology.

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RNA-Seq 관련 자주 묻는 질문

네, RNA-Seq은 이미 잘 정립되어 있고 널리 사용되는 유전자 발현을 정량화하는 방법입니다. 마이크로어레이 및 정량적 PCR(quantitative PCR, qPCR)과 비교하여 RNA-Seq이 지닌 차이점은 아래 페이지를 참조하시기 바랍니다.

전사체학이란 RNA의 발현 수준, 기능, 구조 및 조절과 관련된 연구를 광범위하게 일컫는 말입니다. RNA-Seq은 특이성이 더 높으며 RNA의 시퀀스와 양을 모두 연구하는 기술을 말합니다.

RNA 시퀀싱 뎁스란 유전체의 크기 또는 유전체에서 각 염기가 측정된 횟수의 평균 대비 시퀀싱을 통해 획득한 총 염기 수의 비율입니다.

벌크 RNA-Seq이란 세포나 조직에서 풀링된 RNA를 분석하는 방법입니다.

연구자들은 RNA 시퀀싱 가닥성을 통해 어떤 DNA 가닥(배열 또는 역배열)에서 전사물이 유래했는지 판별할 수 있습니다. 일반적인 RNA 시퀀싱 방법과 비교하여, 가닥 RNA 시퀀싱을 이용할 경우 새로운 전사물을 찾고, 중복된 유전자에서 전사물들을 구별하며, 역배열 시퀀스를 찾고, 유전자를 어노테이션(annotation)할 수 있습니다.

자세한 정보는 Illumina Stranded mRNA Prep 페이지에서 확인하시기 바랍니다.

mRNA 라이브러리 준비 방법의 경우, mRNA는 total RNA에서 oligodT 비드를 통해 선택되므로, 샘플의 폴리아데닐화된 전사물로부터만 라이브러리가 준비됩니다. Total RNA 워크플로우의 경우, rRNA 및 선정된 기타 풍부한 전사물은 샘플에서 제거되며, 나머지 RNA는 폴리아데닐화된 RNA와 폴리아데닐화되지 않은 RNA 등이 포함된 시퀀싱 라이브러리로 준비됩니다. 인리치먼트 워크플로우의 경우, 라이브러리는 모든 RNA 샘플로부터 준비됩니다. 이러한 라이브러리는 이후 올리고 프로브 패널을 사용하여 인리치먼트됩니다. 패널을 통해 전체 코딩 엑솜, 특정 질병 연관 전사체, 병원체의 RNA 또는 맞춤형 표적들을 표적으로 삼을 수 있습니다. 이러한 워크플로우에 대한 자세한 정보는 다음 페이지에서 확인하시기 바랍니다.

추출된 RNA는 정제되어야 하며 오염물이 없어야 합니다. Illumina는 각 RNA 분리 키트에 제시된 지침을 따르고 샘플 유형에 적합한 프로토콜을 선택할 것을 권장합니다.

선택한 방법에 대한 RNA 사용량 범위는 다음과 같습니다.

RNA-Seq은 Illumina의 모든 시퀀싱 기기와 호환됩니다. Library Preparation Kit, 애플리케이션, 데이터 필요량에 따라, 처리량이 더 많거나 적은 시퀀싱 기기가 더 적합할 수 있습니다.

Illumina 시퀀싱 플랫폼 모두 살펴보기

더 자세한 정보는 해당 영업 담당자에게 문의하시기 바랍니다.

네, RNA-Seq 라이브러리 준비 방법을 자동화할 수 있습니다. 더 자세한 정보는 Illumina의 라이브러리 준비 자동화 페이지에서 확인하시기 바랍니다.

네, Illumina는 해당 애플리케이션에 따라 품질 관리 솔루션을 제공합니다. 자세한 정보는 Illumina의 라이브러리 정량화 및 QC 참조 가이드에서 확인하시기 바랍니다.

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참고 문헌
  1. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.
  2. Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.