페어드 엔드와 싱글 리드 엔드 시퀀싱의 비교

페어드 엔드 및 싱글 리드 시퀀싱 사이의 차이점은 무엇인가요?

싱글 리드 시퀀싱은 하나의 말단으로부터만 DNA를 시퀀싱하는 것과 관련되며, Illumina 시퀀싱을 활용하는 가장 단순한 방법입니다. 싱글 리드 시퀀싱과 달리, 페어드 엔드 시퀀싱은 사용자가 절편의 두 말단 모두를 시퀀싱할 수 있도록 하여 고품질, 정렬 가능한 시퀀스 데이터를 생성합니다. 페어드 엔드 시퀀싱은 유전체 재배열 및 반복 시퀀스 요소뿐만 아니라 유전자 융합(gene fusion) 및 새로운 전사물(transcript)의 검출도 용이하게 합니다.

라이브러리 준비에서 동일한 시간과 노력으로 두 배의 리드 수를 생성하는 것 외에도, 리드 쌍으로 정렬된 시퀀스는 더 정확한 리드 정렬 및 싱글 리드 데이터 1로는 더 어려운 삽입-결실(indel) 변이를 검출할 능력을 가능하게 합니다.1 모든 Illumina 차세대 시퀀싱(next-generation sequencing, NGS) 시스템은 페어드 엔드 시퀀싱이 가능합니다.

페어드 엔드 시퀀싱

페어드 엔드 및 싱글 엔드 시퀀싱의 이점 비교

페어드 엔드 시퀀싱
  • 심플 페어드 엔드 라이브러리: 심플 워크플로우로 단편 크기의 고유 범위 생성이 가능합니다.
  • 효율적인 샘플 사용: 싱글 리드 유전체 DNA 또는 cDNA 시퀀싱과 동일한 양의 DNA가 필요합니다.
  • 광범위한 애플리케이션: DNA의 메틸레이션 또는 제한 소화(restriction digestion)가 필요하지 않고, 바이설파이트 시퀀싱에 사용될 수 있습니다.
  • 간편한 데이터 분석: 짧은 삽입 라이브러리로 고품질 시퀀스 어셈블리가 가능하게 합니다. 기준 싱글 리드 라이브러리 준비 과정에 대한 간단한 변형은 하나의 페어드 엔드 리드 동안 각 클러스터의 템플릿 가닥을 정방향 역방향 모두로 판독하는 것을 용이하게 합니다. 두 리드 모두 긴 영역 위치 정보를 포함하여, 리드 정렬의 정확성을 더 높여 줍니다.
싱글 리드 시퀀싱
  • 비용 효율적 사용: 이 솔루션은 신속하고 경제적으로 대량의 고품질 데이터를 제공합니다.
  • 특정 애플리케이션: 싱글 리드 시퀀싱은 small RNA-Seq 또는 chromatin immunoprecipitation sequencing(ChIP-Seq)과 같은 특정 방법들을 위한 훌륭한 선택이 될 수 있습니다.

유전체학 및 전사체 페어드 엔드 시퀀싱

페어드 엔드 DNA 시퀀싱

페어드 엔드 DNA 시퀀싱 리드는 반복 시퀀스를 포함하는 DNA 영역 전반에서 고품질 정렬을 제공하고, 공통 시퀀스에서 갭을 채움으로써 de novo 시퀀싱에 대한 긴 콘티그를 생성합니다. 페어드 엔드 DNA 시퀀싱은 또한 삽입, 결실, 역전과 같이 흔한 DNA 재배열을 검출합니다.

페어드 엔드 RNA 시퀀싱

페어드 엔드 RNA 시퀀싱(RNA-Seq)은 암의 유전자 융합 검출 및 새로운 스플라이스 이소폼 특성 규명과 같은 발견 애플리케이션을 지원합니다.2

페어드 엔드 RNA-Seq의 경우, Illumina에서는 대체 절편화 프로토콜과 함께 다음 키트들을 사용 후, 기준 Illumina 페어드 엔드 클러스터 생성 및 시퀀싱을 제공합니다.

주요 제품

Illumina Stranded mRNA Prep

코딩 전사체 분석을 위한 단순하고 확장 가능하며 비용 효율적이고 신속한 싱글 데이 솔루션입니다.

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus

뛰어난 연구 유연성으로 코딩 및 비코딩 전사체 연구를 위한 다양한 종류의 샘플로 신속한 라이브러리 준비가 가능합니다.

 
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유전자 발현 및 규제 연구를 통한 영향력 큰 발견

RNA 시퀀싱 기술과 단일세포 및 공간 RNA-Seq, 단백질, 크로마틴 및 메틸레이션 분석과 같은 상호보완하는 기술이 생물학과 질병에 대한 우리의 이해에 어떤 영향을 주고 있는지 살펴보세요.

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추가적인 애플리케이션 및 방법

Illumina 시퀀싱 소개

이 개요는 주요 시퀀싱 기술 발전 사항, 핵심 방법, Illumina 시퀀싱 chemistry 등을 설명합니다.

NGS 시퀀싱을 이용한 ChIP assay

ChIP-Seq를 사용하여 유전자 조절에 대한 편향되지 않은 유전체 전체의 인사이트를 얻는 방법을 알아보세요.

DNA 시퀀싱 방법

DNA 시퀀싱이 어떻게 다양한 방법을 통해 작은 표적 영역 또는 전체 유전체에 적용될 수 있는지 알아보세요.

RNA-Seq 개요

RNA-Seq가 어떻게 생물학에 대한 한층 더 심도 깊은 이해를 위해 전사체의 코딩 및 비코딩 영역에 대한 고해상도 뷰를 제공하는지 살펴보세요.

시퀀싱 리드 길이

적합한 시퀀싱 리드 길이를 선택하는 것은 샘플의 종류, 애플리케이션, 커버리지 요건에 따라 달라집니다. 시퀀싱 런에 적합한 리드 길이 계산법을 알아보세요.

 

주요 웨비나

Applications and advances in whole-genome sequencing

전장 유전체 시퀀싱 분야에서 이룬 Illumina의 최신 발전과 새로운 유전체학 기술의 엄청난 잠재력에 대해 알아보세요.

NGS in cancer research

이번 기회를 통해 과학자들이 NGS와 통합 멀티오믹스가 암 진단과 치료의 양상을 어떻게 만들어 나갈 것이라고 생각하는지 살펴보세요.

From sample to genomic insight

소프트웨어 및 인포매틱스 제품 관리 담당 VP인 Mike Lelivelt가 중요한 유전체 인사이트에 도달하기 위해 Illumina 솔루션에 대해 자신의 생각을 공유합니다.

 

추가 리소스

시퀀싱 기술 비디오
Illumina Sequencing by Synthesis(SBS)

시행 중인 SBS 기술 보기.

시퀀싱 플랫폼 선택 도구
Illumina 시퀀싱 플랫폼

프로덕션 규모 및 벤치탑 시퀀서를 확인하고, 적합한 플랫폼을 선택하는 데 도움이 되도록 고안된 리소스를 찾아보세요.

Person with glasses holding a container
쇼트 페어드 리드와 롱 싱글 리드의 비교

이 백서에서 동일한 시퀀싱 길이 전반에 걸쳐 롱 싱글 리드에 비해 쇼트 페어드 리드가 가지는 이점에 대해 알아보세요.

Person looking through microscope
라이브러리 준비

혁신적이고 포괄적인 라이브러리 준비 솔루션은 Illumina 시퀀싱 워크플로우의 주요 부분입니다.

참고 문헌
  1. Nakazato T, Ohta T, Bono H. Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive. PLoS One. 2013;8(10):e77910.
  2. Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.